Consta de las siguientes etapas: Digestión del ADN con enzimas de restricción tras conseguir ADN de alta molecularidad, separación de los fragmentos obtenidos por medio de una electroforesis en gel de agarosa, desnaturalización de los fragmentos separados y cortados, trasferencia de las cadenas simples a una membrana de nitrocelulosa o nylon y fijación de las mismas por medio de calor, prehibridación con sondas de ADN inespecífico para bloquear los lugares de unión inespecíficos que pudiera haber en la membrana, marcaje de la sonda con nucleótidos radioactivos, hibridación de la sonda marcada y desnaturalizada y lavado de la membrana, y por último el revelado y la interpretación de los resultados.
El tipo de sondas utilizadas puede ser de 2 tipos: Mono-locus y multi-locus que son específicas para una región de un determinado cromosoma. Se unen a secuencias largas de nucleótidos y presentan mayor variabilidad que las sondas multi-locus. Como resultado se observan una o dos bandas por individuo, según sea homocigoto o heterocigoto. El patrón de bandas obtenido con estas sondas se denomina perfil unilocus de ADN o DNA PROFILING.
